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Secuenciando el genoma microbiano lacustre


El grupo de Ecología Microbiana Molecular de la UdG ha colaborado amb el Craig Venter Institute de los Estados Unidos (CVI, http://www.jcvi.org) y el Centro de Estudios Avanzados de Blanes en el marco del proyecto de genòmica ambiental del CVI “Global Ocean Sampling Expedition” realizando un estudio metagenómico por secuenciación masiva de la diversidad microbiana de diferentes ecosistemas acuáticos del Sistema Lacustre de Banyoles.

EL CVI está realizando durante los tres últimos años diversas expediciones oceanográficas en diferentes mares y océanos del planeta con el objetivo de secuenciar el “genoma marino”. Estos datos genómicos permiten profundizar en el conocimiento de la diversidad microbiana del bioma marino y, a su vez, descubrir nuevos genes y proteínas potencialmente útiles en biotecnología. El interés de los investigadores del CVI en los lagos cársticos de Banyoles se centra en el gran contraste que estos ambientes presentan respecto los sistemas marinos. La biodiversidad existente en los lagos cársticos poco tiene que ver con la de los océanos y, por tanto, las muestras recogidas en Banyoles constituyen un material de investigación muy interesante no solo para comparar las comunidades microbianas en cada tipo de ecosistema sino también para descubrir nuevas formas de vida. Durante la campaña de muestreo en Banyoles se recogieron en total unos 100 litros de agua de tres lagos (Cisó, Vilar y el propio lago de Banyoles). Considerando que cada mL de agua contiene de media un millón de microorganismos, el número total recolectado estaría cercano a las 100.000.000.000 células (1×1011). El material, debidamente congelado se envió a la sede del CVI en Rockville (MA) para proceder a la extracción del DNA y su posterior análisis metagenómico mediante técnicas de secuenciación masiva. Los resultados que genere este estudio permitirán conocer con detalle la biodiversidad genética de las comunidades microbianas lacustres y además identificar aquellos microorganismos con un mayor impacto en los procesos biogeoquímicos que se dan en estos ambientes.


Investigador responsable: Carles Borrego (gEMM-IEA, UdG)


GOS Bloghttp://blogs.jcvi.org/tag/gos/

Banyoles sampling: http://blogs.jcvi.org/2010/07/lake-sampling-starts-with-lake-siso-global-lake-sampling-gls/


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